حوزه‌های علمیه و روحانیت شیعه از دیر باز مسئول پاسداری از کیان اعتقادی جامعه‌ی اسلامی و دفاع از اصول و فروع دین مقدس اسلام بوده‌اند. مدارس علمیه‌ی خواهران با توجه به مسئولیت خاص زنان و نقش مهم تربیتی که در محیط خانواده و ساختار معنوی جامعه دارند، توانسته‌اند با پرورش کارشناسان دینی در تعمیق و توسعه‌ی دانش و معرفت دینی و بسط و گسترش فرهنگ اسلامی گام‌های مؤثری بردارند.
در این راستا مدرسه‌ی علمیه ی نرجسعلیها السلام واحد مرکزی مشهد با توفیقات الهی و توجهات امام عصرعج و با همت و تلاش استاد فاطمه سید خاموشی (طاهایی اعلی الله مقامها) در سال 1345 تأسیس شد و عملکرد خود را با تشکیل کلاس های دروس پایه‌ی حوزه آغاز کرده و به مرور زمان گسترش داد. همچنین با توجه به فضای فکری و سیاسی جامعه‌ی آن دوران در راستای مبارزه با رژیم ستم شاهی با انجام فعالیت‌های سیاسی، فرهنگی گسترده نقش مهمی را در روشنگری افکار عمومی به خصوص جامعه‌ی بانوان ایفا نمود.
فعالیت‌های رسمی مدرسه به مدت سه سال از طرف رژیم منحط پهلوی متوقف گردید گرچه سخنرانی‌های افشاگرانه‌ی استاد متوقف نشد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی مجدداً شروع به فعالیت نموده و اساسنامه‌ی آن تدوین شد و به ثبت رسید.
این مؤسسه آغازگر فعالیت فرهنگی نو در حوزه‌های علمیه‌ی خواهران بوده و به منظور گسترش معارف دینی و تربیت طلبه، شعبات بسیاری را در شهرستان‌های بیرجند، تربت جام، سبزوار، کاشمر، چمن آباد، فریمان، خواف، زاهدان، زابل، ایرانشهر و همچنین سه مدرسه‌ی علمیه‌ی «فاطمه الزهراتوس» و «زهرای اطهر» و «بیت الزهرا» را در مشهد مقدس پایه‌گذاری نموده.
هم اکنون این مؤسسه با مدیریت خانم منور شایسته‌خوی و همکاری نیروهای مخلص و کارآمد، هماهنگ با برنامه‌های آموزشی حوزه‌های علمیه‌ی سراسر کشور و مرکز مدیریت حوزه‌ی علمیه‌ی خراسان، به صورت یک نهاد حوزوی که فراتر از مرزها و به صورت بین المللی فعال می‌باشد، با اهداف کلی زیر فعالیت می‌نماید:
- تبیین مبانی اعتقادی اسلام، تعمیق باورهای دینی، ترویج مکارم اخلاقی و گسترش فرهنگ اصیل تشیع.
- تربیت بانوان اندیشمند، متخصص، آگاه به معارف اسلامی و کارآمد جهت اعتلابخشی به اندیشه و تفکر اسلامی در سطح ملی و بین‌الملل.
- پرورش مبلغان توانمند در هدایتگری فکری و عقیدتی مردم و پاسخگویی به نیازهای عصر و نسل.
- ارائه‌ی الگوهای وارسته‌ی اخلاقی و معنوی، دارای بصیرت دینی، برخوردار از روحیه‌ی فرهنگ‌ساز و پایبند به عفاف اسلامی در عرصه‌ی مشارکت اجتماعی و سیاسی.
در راستای اهداف فوق، این مؤسسه فعالیت‌های خود را در سه زمینه‌ی آموزش، پژوهش و فرهنگی متمرکز نموده است.