پژوهش، روح تپنده حوزه‌های علمیه و مسیر استوار برای بالندگی علمی و کشف معارف ناب دینی است. مؤسسه علمی تحقیقی مکتب نرجس، با درک عمیق از این رسالت خطیر، بخش پژوهش سطح دو را به‌عنوان قطبی پویا و پیشرو در عرصه تولید و توسعه علوم اسلامی بنیان نهاده است. این بخش، فراتر از یک واحد اداری، بستری زنده و تعاملی برای شکوفایی استعدادهای پژوهشی طلاب ترسیم نموده و تلاش می‌کند تا آنان را از سطح یک پژوهش‌گرِ صرف، به مرتبه‌ای از محققانی متعهد، نوآور و اثرگذار در جامعه علمی کشور ارتقا دهد.